三格化糞池由相聯的三個池子組成，中間由過糞管聯通，主要是利用厭氧發酵、中層過糞和寄生蟲卵比重大于一般混合液比重而易于沉淀的原理，糞便在池內經過30天以上的發酵分解，中層糞液依次由1池流至3池，以達到沉淀或殺滅糞便中寄生蟲卵和腸道致病菌的目的，第3池糞液成為優質化肥。

新鮮糞便由進糞口進入第一池，池內糞便開始發酵分解、因比重不同糞液可自然分為三層，上層為糊狀糞皮，下層為塊狀或顆狀糞渣，中層為比較澄清的糞液。在上層糞皮和下層糞渣中含細菌和寄生蟲卵最多，中層含蟲卵最少，初步發酵的中層糞液經過糞管溢流至第二池，而將大部分未經充分發酵的糞皮和糞渣阻留在第一池內繼續發酵。流入第二他的糞液進一步發酵分解，蟲卵繼續下沉，病原體逐漸死亡，糞液得到進一步無害化，產生的糞皮和糞 厚度比第一池顯著減少。流人第三池的糞液一般已經腐熟，其中病菌和寄生蟲卵已基本殺滅。第三池功能主要起儲存已基本無害化的糞液作用